2008年初，俄方提出组建上海合作组织大学的构想。2008年10月23日在阿斯塔纳签订了《上海合作组织成员国教育部关于为成立上海合作组织大学采取进一步一致行动的意向书》。

2009年5月26日，“上海合作组织成员国第二届‘教育无国界’教育周及首届大学校长论坛”在莫斯科大学举行，期间中外有关项目院校在莫斯科语言大学签署了“上海合作组织成员国人文大学联盟”协议及章程。

2010年4月26日，“上海合作组织成员国第三届‘教育无国界’教育周”在莫斯科举行，各成员国项目院校代表签署了“上海合作组织大学多边教育合作创新机构”备忘录和纪要，协商了双边合作协议草案，确定了硕士研究生的培养方案、教学计划和相关课程设置，一致同意于2010年下半年率先启动“区域学”专业硕士研究生的招生程序。

2011年11月6-9日，第四届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周在俄罗斯首都莫斯科隆重开幕，中国教育部派出以于继海副司长为团长、由上海合作组织大学中方15所项目院校代表组成的31人代表团与来自上海合作组织其他成员国47所项目院校的数百名代表共同参加了本届教育周。本届教育周最重要的成果是各成员国62所项目院校代表共同签署了《上海合作组织大学章程》，这标志着上海合作组织大学在法律基础上取得了重要的进展。在上海合作组织大学5个合作方向的分组讨论会上，各项目院校代表签署了会议纪要。就上海合作组织大学的工作开展及其运行的规范和法律基础的建立问题，本届教育周期间还召开了上海合作组织成员国教育合作专家工作组会议，并签署了会议的最终文件。

2012年5月13-16日，由俄罗斯联邦教科部主办的第五届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周在俄罗斯首都莫斯科开幕，由教育部国际交流与合作司副司长于继海为团长的23人代表团参加了在莫斯科举行的上海合作组织成员国第五届“教育无国界”教育周活动。来自中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等五个国家的教育部官员、上合组织大学各项目牵头院校等70人参会。各国代表就“各国教育主管部门在上合组织大学运行筹备方面的任务”进行了讨论，分析了目前各国在上合组织大学筹备过程中所做的工作、面临的困难和问题以及解决问题的相关措施，阐明了教育主管部门在上合组织大学运行和筹备过程中的任务。我国教育部国际交流与合作司副司长于继海就中国在上合组织大学运行和筹备过程中的任务和问题进行了陈述：任命大连外国语大学校长孙玉华为中方项目院校校长委员会主席，并明确了中方各个专业方向的牵头学校。2012年秋季部分方向可以启动招生计划。会议期间，上合组织成员国教育领域合作常设专家工作组召开了专门会议，就第四次上合组织成员国部长会议的日程及相关草案进行了磋商，同时根据人才培养需求，增设经济学和教育学方向。与此同时，还召开了上合组织大学校长委员会主席第一次会议，讨论并通过了上合组织大学的管理机构、管理模式、毕业证书、定期召开校长会议等工作议题。

2012年10月7-12日，上海合作组织成员国第四届教育部部长会议暨第二届大学校长会议在吉尔吉斯坦共和国首都比什凯克举行。哈萨克斯坦共和国教科部、中华人民共和国教育部、吉尔吉斯斯坦共和国教科部、俄罗斯联邦教科部、塔吉克斯坦共和国教科部部长或副部长、上海合作组织秘书处副秘书长出席了会议。会议通过并签署了第四届上海合作组织成员国教育部部长会议纪要。通过了新增项目院校名单及两个新的专业。目前，上海合作组织大学共有70所项目院校，其中中方20所。7个专业方向。在中方校长的大力推动下，人才培养层次也将从单纯的硕士研究生层面扩大至本科生层面。会议还提出上海合作组织大学框架下的合作将进一步扩大合作领域，以人才培养合作为基础进行教授间合作和科研合作等，使上海合作组织大学项目院校间的合作变成教育、教学、科研等全方位的合作。

2013年5月22-24日上海合作组织成员国第六届“教育无国界”教育周暨上海合作组织大学第三届校长扩大会议在莫斯科举行。参加教育周活动的有上海合作组织成员国教育部代表、上海合作组织大学各国项目院校的代表共100余人。我国参会代表有教育部国际合作与交流司领导以及中方上海合作组织大学7个方向的牵头院校代表共13人。会议期间，上海合作组织大学各方向项目院校分别召开了专家工作会议，就本方向项目院校间国际合作的具体事宜进行磋商，并就联合培养硕士研究生的具体操作流程达成共识。上海合作组织大学校长扩大会议，讨论修改了上海合作组织大学的部分文件，签署了上海合作组织大学区域学、生态学、能源学、信息技术和纳米技术等5个方向的框架合作协议。

2014年5月20日，上海合作组织成员国第七届"教育无国界"教育周活动在俄罗斯乌法市举行。上海合作组织大学校长、俄罗斯科学院代表和上海合作组织成员国科学、教育、文化领域的代表及专家参加了教育周活动。本届教育周重点讨论在经济学和教育学方向发展国际科教合作和共同完成科研计划及项目的问题。在全体会议中，与会者就上海合作组织成员国教育人才的培养问题和前景进行讨论。

2014年10月7日，上海合作组织成员国第八届“教育无国界”教育周活动在俄罗斯阿尔泰地区巴尔瑙尔举行。来自上海合作组织成员国各所高校的近百位领导出席。活动期间举办了论坛，商讨上合组织大学未来工作的主要方向和形式以及各个高校在科学领域和教育项目上的合作。专家们参与七个方向的圆桌会议。10月8日在“教育周”活动的框架下上海合作组织成员国教育部长举行会谈，讨论各国在教育领域合作中取得的成果以及未来的发展前景。俄罗斯科学教育部部长德米特里·利瓦诺夫计划出席此次会谈。在本次活动框架下，阿尔泰地区将开设生物医学和生物技术科学教育项目组。

2015年5月28日，上海合作组织成员国第九届“教育无国界”活动在俄罗斯别尔哥罗德开幕，有来自上海合作组织成员国各高校的一百多个代表团参加。全体会议上代表们就国际交流、新型教育的发展前景、法律保障合作及专家委员会工作效率问题进行讨论并签署有关多边合作的新合同。

2016年5月17日，由教育部主办，大连外国语大学承办的第十届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周开幕式在大连外国语大学举行。本次教育周是上合组织成员国教育周活动首次在俄罗斯之外的其他上合国家举行，在上合组织教育领域合作中具有历史的跨时代意义，是总结过去展望未来的关键节点。本次“教育无国界”教育周活动由开幕式、校长论坛、人才培养各方向圆桌会议、各方向教师及专家研讨交流会、上海合作组织成员国教育合作十周年图片展等几部分组成。来自区域学、生态学、教育学、能源学、纳米技术、经济学、IT技术等7个方向的近80位中外专家、学者围绕《上海合作组织教育合作十周年：回顾、实施与展望》主题，在回顾、总结上合组织教育合作十年发展的基础上，就人才培养、科学研究、服务区域合作等展开具体讨论。专家们通过对工作进程和未来发展的详细梳理，就如何扩大合作层次，实施本科生联合培养计划、搭建科研合作平台、加强语言培训和发挥学生导师在交流中的作用、开展国际远程教育等问题提出了建议。

2016年10月20日，第六届上海合作组织成员国教育部长会议在塔吉克斯坦共和国首都杜尚别市举行。哈萨克斯坦共和国教育科学部副部长、中华人民共和国教育部副部长、吉尔吉斯斯坦共和国教育科学部国务秘书、俄罗斯联邦教育科学部副部长、塔吉克斯坦共和国教育科学部部长以及上海合作组织副秘书长等出席会议。会议期间，各国教育部长重点研究落实2016年6月塔什干上海合作组织元首峰会达成的教育领域合作的各项共识，通过了《上海合作组织成员国教育部长会议联合信息公报》，确定了2018年前教育领域合作优先发展方向，并对上合大学项目的运行效果表示满意，责成校办加快制订联合培养博士的教学计划。同时，高度评价了在中国大连举办的第十届“教育无国界”教育周活动，认为校办在上合组织大学项目的实施和运行方面做出了巨大贡献。

2017年4月25日至5月1日，第十一届上海合作组织“无国界教育”教育周活动在哈萨克斯举行。来自俄罗斯、吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦及中国等上海合作组织成员国教育部及高校代表70余人参会。上合组织大学中方校长委员会主席孙玉华教授率团出席，分别参加了上海合作组织国家教育合作专家工作组会议、上合组织教育合作全体会议、上海合作组织大学校长论坛及上海合作组织大学区域学等方向的圆桌会议。本次教育周特别强调了提升上合大学项目学生的市场竞争力；加强学生流动，尽快拓展博士和本科层面的学生交流，包括中职学生的交流；开展教师交流等重点内容。

2025年3月，根据教育部来函通知，为进一步深化上海合作组织教育务实合作，发挥中方在上海合作组织大学中的作用，西安交通大学接任大连外国语大学承担上海合作组织大学中方校长办公室职能。

2025年4月3日，西安交大组织召开上海合作组织大学（中方）建设工作研讨会。卢建军书记陪同中方项目院校代表参观创新港数字展厅。张立群校长、教育部国际司二级巡视员席茹、省外办副主任高进孝、省教工委副书记王海波、省科技厅副厅长白崇军、校长助理单文华、上合组织大学11所中方项目牵头院校及8所重点院校领导，西北工业大学等7所西安当地高校领导出席研讨会。会议由单智伟副校长主持。会议主要围绕上合组织大学合作平台和运行机制建设、数字教育发展计划、年会筹备工作等情况进行研讨。

2025年5月12日，上海合作组织大学2025年年会开幕式在新疆维吾尔自治区乌鲁木齐举行。教育部部长怀进鹏出席并致辞。来自中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等7个国家86所大学代表齐聚一堂，共商上合组织框架下的教育合作大计。自治区党委常委、宣传部部长王建新出席会议。西安交通大学校长、中国工程院院士张立群主持会议。上海合作组织副秘书长詹内什·凯恩、吉尔吉斯斯坦教育与科学部部长、俄罗斯科学和高等教育部副部长、塔吉克斯坦教育和科学部部长、上合组织大学校长菲利波夫分别发言。上合组织大学协调委员会秘书长叶芙列莫娃作工作总结报告。会议正式发布《上海合作组织大学数字教育发展计划》、《中国-上海合作组织博士生培养创新中心建设方案》。五国校长委员会主席签署《上合组织大学项目院校校长委员会谅解备忘录》。

2025年5月13日，第九届上海合作组织成员国教育部长会议在乌鲁木齐举行。中共中央政治局委员、新疆维吾尔自治区党委书记马兴瑞，教育部部长怀进鹏出席会议并致辞。教育部副部长吴岩主持会议。白俄罗斯教育部部长，伊朗科学、研究和技术部部长，哈萨克斯坦科学和高等教育部部长、教育部部长，吉尔吉斯斯坦教育和科学部部长，巴基斯坦驻华使馆代表，俄罗斯科学和高等教育部副部长、教育部副部长，塔吉克斯坦教育和科学部部长，乌兹别克斯坦高等教育、科学和创新部部长在会议上发言。会议审议通过了《2025年4月23日上海合作组织大学协调委员会第二次会议纪要》《上海合作组织大学数字教育发展计划》、第十五届“教育无国界”教育周、《第九届上海合作组织成员国教育部长会议乌鲁木齐倡议》《第九届上海合作组织成员国教育部长会议联合公报》，第十届教育部长会议时间和地点，同意白俄罗斯承办第十届上海合作组织成员国教育部长会议。会议签署了《第九届上海合作组织成员国教育部长会议纪要》，揭牌成立上海合作组织国家数字教育联盟、中国—上海合作组织博士生培养创新中心。

2025年5月13日，上海合作组织大学校长论坛、数智教育论坛在新疆大学召开。校长论坛以“数字教育、产教融合与绿色发展”为主题，86所高校校长及教育专家共议教育数字化转型与产教协同创新发展路径。数智教育论坛聚焦数智化时代教育变革与创新发展，C9联盟、俄罗斯人民友谊大学等18位中外高校信息化专家探讨数智教育创新实践及在优先合作领域的应用，就深化落实数字教育发展计划达成共识，强调加强资源共享、推动AI与教育融合，以及建立跨国数字教育资源共享平台。作为上合组织大学2025年年会重要活动，两场论坛为区域教育合作数字化、智能化转型注入动力，进一步践行了“上海精神”下的教育共同体建设理念。